靶向代谢组学是按照代谢组学的原理和思路，只对有限的几个或几类与生物学事件相关的代谢物进行分析和研究的方法。通常在通过非靶向代谢组学发现差异代谢物之后，再利用靶向代谢组学进行进一步系统的确证。
靶向代谢组学主要是以标准品为参照，对特定的某一代谢物或某一类代谢物进行有针对性的检测和定量；通过标准曲线计算代谢物浓度，从而实现绝对定量。
具有特异性强、灵敏度高、定量准确等特点。