宏转录组研究的对象是整个微生物群落。相对于传统单个细菌研究来说，它具有众多优势，其中很重要的两点：
(1) 微生物通常是以群落方式共生于某一小生境中，它们的很多特性是基于整个群落环境及个体间的相互影响的，因此做宏转录组研究比做单个个体的研究更能发现其特性；
(2) 宏转录组研究无需分离单个细菌，可以研究那些不能被实验室分离培养的微生物。
宏转录组是一个新兴的科学研究方向。是研究直接从环境样本中提取的转录组遗传物质的学科。传统的微生物研究依赖于实验室培养，宏转录组的兴起填补了无法在传统实验室中培养的微生物研究的空白。过去几年中，RNA测序技术的进步以及测序通量和分析方法的改进使得人们得以一窥这一未知的科学领域。